18 yaşında geldiği Lyon'un vazgeçilmezleri arasına giren Pjanic, burada 3 sezon geçirdi. 121 maçta 16 gol, 21 asistle skora katkı yapan Boşnak oyuncu, Ağustos 2011'de 11 milyon Euro bonservis bedeliyle Serie A ekibi Roma'ya transfer oldu.

Miralem Pjanic'in lakabı 'ressam'. Roma'daki takım arkadaşları bu lakabı, topla muazzam işler yapabildiği için taktı.